主要的研究方向为：
1）揭示染色质三维空间结构如何进行基因的转录调控，理解遗传变异破坏的染色质空间结构如何引起疾病的发生、发展，拓展三维基因组研究在精准医学的潜在应用价值；
2）开发组织原位组学技术和算法，对功能分子进行组织三维空间可视化和定量分析，研究器官发育、肿瘤发展过程中功能分子对组织微环境空间演进的调控机理。

为第一/共同第一作者在Cell发表论文2篇，在Genome Res.发表论文1篇，做为共同作者在Nature, Cell, Cancer Cell等发表论文多篇,研究论文的总引用频率已超过1000。