陈晓军医师任上海医学会妇产科分会青年委员，青年学组组长。先后获得卫生部笹川医学研究者制度奖学金、上海市青年人才培养计划、卫生部支援西部地区农村卫生工作优秀医疗队员、教育部自然科学奖二等奖（第六完成人）、国家自然科学基金（课题负责人）、上海市卫生系统抗震救灾先进个人、上海市科教文卫系统抗震救灾先进共产党员、上海市青年科技启明星计划、上海市卫生系统银蛇奖（提名奖）、上海市卫生系统先进工作者、复旦大学十大医务青年、三八红旗手等奖项和荣誉称号。